С открытием Волгоградской епархии в 1991 году и прибытием сюда архиепископа Германа (Тимофеева) началась активная работа по возвращению обители Церкви. Передача занятой воинской частью территории Свято-Духовского монастыря затягивалась.

Свято-Духовский монастырь был открыт в Волгограде 1 марта 1992 года, когда военные отдали один дом на углу улиц Чапаева и Рокоссовского. Удалось переоборудовать в Свято-Троицкую церковь бывший спортивный зал.

Настоятелем Свято-Духовского монастыря является архимандрит Гавриил (Головко). Число монашествующих составляет 16 человек. Свято-Духовский монастырь по-прежнему остается центром духовной и общественной жизни епархии.