Свято-Духовский мужской монастырь берет свое начало с образования архиерейского подворья в 1903 году и строительства храма в честь Святого Духа. В дальнейшем подворье было преобразовано в мужской монастырь, а потом и в женский.

В советское время храм и помещения использовались под различные нужды: читальню и кинотеатр, студенческое общежитие, а в военное время под ремонтные мастерские. Во время Сталинградской битвы монастырь был частично разрушен, а в его руинах немцы сделали фашистский концлагерь. После войны монастырь был разобран и переделан в войсковую часть № 12670.

В 1991 году с прибытием архиепископа Германа (Тимофеева) началась активная работа по возвращению обители Церкви.

В Свято-Духовском монастыре в храме Святой Троицы находятся частицы  мощей священномученика Николая Попова, преподобных Глинских старцев, блаженной Матроны Московской, преподобных Сергия Радонежского, Амвросия Оптинского, Серафима Саровского и многих других святых.