Родился в 1864 году в станице Урюпинской. В 1893 году он стал диаконом, а в 1894 году и священником. Священнослужитель нес свой крест на разных приходах Области Войска Донского, но где бы он ни служил, везде к нему шли люди. В х. Колодезный, где он прослужил несколько лет. В 1901 году священника перевели в Иоанно-Богословский храм хутора Верхнегнутова (современный Чернышковский район Волгоградской области).

В 1919 году Дон вспыхнул огнем братоубийственной гражданской войны. Отец Николай разделял со своими хуторянами все трудности и скорби военного времени. Во время эпидемии тифа исполнял свой долг, ходил по домам заболевших и преподавал последнее напутствие умиравшим, смягчал страдания больных. Проболел тифом два месяца, и, не дожидаясь полного выздоровления, начал служить. В конце марта его арестовали, а во время обыска нашли фотографию его брата — походного атамана Петра Харитоновича Попова. Эта находка потянула на смертный приговор. Батюшку отправили на станцию Морозовскую в окружной ревтрибунал. После освобождения округа от «красных», родственники смогли отыскать и опознать тело мученика Христова. Его погребли за алтарной частью хуторского храма.

Священник Николай Попов, принявший мученическую кончину на волго-донской земле, был канонизирован 17 июля 2006 года. Священный Синод Русской Православной Церкви причислил его к Собору новомучеников и исповедников Российских XX века.

Рака с мощами священномученика Николая Попова долгое время находилась в Свято-Духовском монастыре, а в 2023 году была перенесена в Александро-Невский собор Волгограда. Все желающие могут прийти и поклониться святыни.