7 апреля 1912 г. Святейший Синод преобразовал подворье в самостоятельный мужской монастырь 2-го класса, назначив настоятелем архимандрита Иринарха.

21 сентября 1912 г. Царицынский Свято-Духовский необщежительный мужской монастырь был преобразован в женский. 17 ноября 1913 г. при обители был освящен домовой зимний храм в честь Благовещения Пресвятой Богородицы.

А в 1914 г. Царицынская Дума постановила включить в сеть учебных заведений города Свято-Духовскую церковно-приходскую школу. На начало 1915 г. монастырь содержал в своей школе 53 девочки из семей фронтовиков.

Монастырь продолжал являться одной из основных достопримечательностей уездного Царицына. Приведем для полноты картины мнение современника – ученика Урюпинского реального училища Алексея Глазкова, посетившего обитель с экскурсией в мае 1916 г. Юноша пишет о монастыре: «Он стоит на возвышенном месте, с которого открывается прекрасный вид на Волгу и город. Монастырь обнесен высокими стенами, в которых проделаны круглые отверстия, так что монастырь по внешнему виду напоминает старинную крепость. Монастырский собор поразил меня, прежде всего своею необыкновенной величиной. Он может вместить в себе, как нам сказали, до 15 тысяч человек. Живопись в соборе также очень красива. Вверху находятся хоры. Мы поднялись на хоры, а оттуда на колокольню, с которой открывается прекрасный вид на огромнейший город, его пристань и заводы».

А перед захватом Царицына белыми в июне 1919 г., большевики объявили по городу и уезду насильственную мобилизацию черного и белого духовенства на полевые работы. Они согнали монашествующих обоих полов в возрасте от 18 до 50 лет на возведение укреплений. В Париже в 1925 г. вышла книга «Штурм небес: сборник документальных данных, характеризующих борьбу советской коммунистической власти против всякой религии, против всех исповеданий и церквей». В этом издании сообщалось, что царицынских монахинь сперва потащили в ЧК, где комиссарша Савинкова угрожала истребить их, как «негодных элементов», но потом все же передала их некоему Добину для рытья окопов.

Между тем в монастырском храме с декабря 1920 г. устроили лазарет. Часть помещений отвели под концентрационный лагерь, – этим словосочетанием обозначался в то время губернский лагерь принудительных работ, в котором находились бывшие купцы, фабриканты, мелкие лавочники.

Большая часть монастыря была реквизирована большевиками еще после революции в 1918 г. Какое-то время здесь располагался детский дом, но средств на ремонт и эксплуатацию здания не выделялось, и оно ветшало. В 1923 г. обитель прикрыли, отдав здания комсомольской коммуне. В 1929 г. ее собор отвели под читальню и кинотеатр на 400 мест с тремя туалетами и фойе. В 1932 г. в корпусах разместилось студенческое общежитие на 200 человек для учащихся только что открытого пединститута.

С наступлением военного времени в обители заработали ремонтные мастерские. По воспоминаниям старожилов в монастыре какое-то время располагался военный госпиталь.

После войны монастырь передали военным, которые снесли полуразрушенные корпуса и храм, возведя на оставшемся фундаменте новые здания.